エージェント X

ジョンのかつての宿敵であるテロリスト、マリク・アハマドが核ミサイル9基を奪い、国防総省の核兵器専門家ブロック博士を人質に取って逃走した。ジョンは捕らえたばかりのオルガを連れ出し、ミサイル奪還と博士救出のため動き出す。FBIがジョンのあとを追う中、ナタリーとマルコムはジョンの正体が暴かれないよう奔走する。

共和民主両党の法律顧問であるデイビッド・ウィリアムズから懐中時計を託されたパメラは、闇の集団一味から命を狙われる。かつての恋人を守るため危険を顧みず行動するジョン。一方でナタリーとマルコムはこの闇の集団の正体を暴くべく、調査活動を開始する。

CIAとメキシコの麻薬カルテルの関係を掴んだジョンは、潜入捜査中の捜査官に接触すべく現地へ飛ぶ。辿り着いた先は、カルテルのボス、ディアブロと警察署長との癒着により無法地帯と化していた。一方、ナタリーは事故で亡くした夫と下院議長レイサムの婚約者が不倫をしていたのではと疑惑をぶつける。

生物兵器ハスクが何者かによって国土安全保障省に送りつけられ、開封した職員が心臓発作で死亡する事件が発生した。ジョンは情報を掴むべく先代のエージェントＸに接触、そしてナタリーとマルコムも犯人のテロリストを追うべく捜査を開始するが、事件の背後に潜む巨大なテロ計画の存在に辿り着く。

人民解放戦線リーダーとメキシコ政府との和平を仲介することになったナタリー。ジョンはシークレットサービスを装い、３人の和平交渉の場に同席する。そんな中、搭乗していたヘリコプターが狙撃され墜落してしまう。何もない広野に放り出された彼らは、凶悪な者達によって命を狙われることに。

拘束されたジョンが意識を取り戻すと、ウクライナの都市オデッサの地下壕に幽閉されていた。目の前にいたのは死んだはずのあの男が…。過去の記憶と現在の事実に困惑するジョンを、マルコムが救出しようとする中、エッカート大統領の身に危険がせまる。

ナタリーは大統領暗殺にまつわる陰謀を暴くべく動こうとするが、自身の周辺でうごめく不穏な動きを感じ、水面下で作戦を開始する。そんな中、最先端技術によって作り出された秘密装置「ゲリュオン」を奪うべく、ジョンは億万長者ダンテ･ケインが所有する孤島に潜入する。

ナタリーにエージェントＸの辞職を申し出たジョン。ヴォルカーによって元恋人のパメラがさらわれ、ジョンはゲリュオンを入手しパメラの命を救おうと奔走する。同時にオルガもロシア諜報機関のためにゲリュオンを追い求めていた。そんな中、ナタリーはエッカートが隠していた過去を知る。

ヴォルカーを追ってパリへと飛んだジョンとオルガ。マルコムはジョンに接触し、辞職を取り消すよう説得するが、ジョンの決意は固かった。そんな中、オペラ座で劇を観賞していたエッカート、ナタリーを含む各国首脳陣がヴォルカーにより人質となってしまう。人質を救出するため、ジョンはヴォルカーとの最終対決に挑む。